Typiquement haut-jurassienne, son toit fut restauré en 2009-2010. L’église, située au centre du village date du 19e siècle, elle bénéficie d’un superbe clocher comtois, renfermant l’une des plus belles sonneries jurassienne, l’église fut peau neuve en 2010, la façade est reprise et le clocher également, le travail final mêle modernisme, et le traditionnel.

Au 17ème siècle, une petite chapelle domine le village de Bellefontaine. En 1776 elle est démolie pour reconstruire à sa place une église.

En 1816 le presbytère est terminé et le clocher démoli la même année. Le 10 décembre 1819 la commune décide de l'agrandissement de l'église.

Celle-ci est alors presque entièrement démolie mis à part la sacristie et sera rebâtie à partir de 1820. La réception définitive des travaux sera entérinée en 1828.

En 1876, la sacristie sera reconstruite et agrandie.